蛋白胨的分类方法有很多种，不同方法分类可以分出好多种产品类别，常规的分类方法有按照原材料笼统分类，按照原材料细化分类以及按照使用用途等级分类以及用途的细化分类等等，说的可能比较绕口，细说一下就清楚了。

按照原材料笼统分类：动物性蛋白胨、植物性蛋白胨、生物性蛋白胨等等三大类。

按照原料细化分类就比较精细了：其中可分为大豆蛋白胨、牛肉蛋白胨、牛骨蛋白胨、鱼蛋白胨、猪皮蛋白胨等等，任何一种原料都可以成为一种蛋白胨的分类。

按照用途笼统分类：包括医药级蛋白胨、食品级蛋白胨、饲料级蛋白胨、工业级蛋白胨等等，这是按照用途的大致分类。

按照用途细化分类：缓冲葡萄糖蛋白胨、某细菌培养蛋白胨、食品**蛋白胨、叶面肥**蛋白胨、涂料**蛋白胨以及电镀用蛋白胨等等，按照这种分类，蛋白胨可分为不下百种。

按照分子大小：可分为高聚蛋白胨、多肽氨基酸蛋白胨以及普通蛋白胨等等。

按照酶化水解等生产工艺：又可以分为酪蛋白胨，胰蛋白胨等等。

不论哪种分类方法都是本着蛋白胨管理和使用方便，事实上有些分类是交叉的，比如牛肉蛋白胨如果生产出高纯度的高品质蛋白胨则可用于实验室培养基**蛋白胨，如果品质较低就可能产生出低档次的工业级蛋白胨。